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やがてそこに。


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甍(いらか)八十一

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アムステルダムのスキポール空港に駐機中のMH17便であると伝えられた写真

これはMH17便に乗っていたとみられるオランダ人男性が搭乗直前に、「万が一消息を絶ったときのために、飛行機の外見はこんなふう」とFacebookに投稿したという写真と同じ。上記写真の出所がここなのかは不明。
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マレーシア航空のこの機種は機体右側の国旗が反転している。
今回のMH17も行方不明となったMH370もB(アメリカ・ボーイング)777-200という同様の機種である。
マレーシア航空の保有機を調べてみると、この機種の保有数は15機。主な運航路線は東京/イスタンブール/アムステルダム/フランクフルト等とある。

保有が一番多いのはB737-800であり45機となっている。運航路線は東南アジアが主流のようだ。
保有が一番少ないのはA(欧州・エアバス)380で6機。
エアバスは超大型旅客機だがその中でもA380は最新鋭型である。
この主な運航路線は、ロンドン/パリ/香港 とある。

機体デザインが機種によって違うことはこちらで分かる

B737-800やA380の機体の国旗は反転していない。
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MH17はわざわざこの国旗部分を残して写していた。しかも国旗が反転している機体右側になる。
従って非常に作為的であると感じる。
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STAP実験・STAP騒動で私が受けた主なる衝撃

●STAP細胞が幹細胞ではなかったこと。 
自己複製能が無く細胞分裂しないということであるから、STAP細胞には多分化能はない。胎児にも胎盤にもなれないのは明確。にも拘わらず「生殖細胞を含む全ての細胞に分化する能力を持っていると明確に示された」と報告されていた。


●幹細胞ではないSTAP細胞からキメラマウスを作製。STAP由来の胎仔と胎盤をできたこと。 
上記の理由でありえない。だからなのか、「単一細胞(トリプシンでバラバラにする)」から「小分けブロック」にすることで可能になった、その技術は若山氏ならではのものと語られた。この方法や文言には非常に強く作為的なものを感じる。


●全身グリーンマウスを喜んでいること。
Oct4-GFPマウス(分化した細胞は蛍光しない)とCAG-GFPマウス(最初から全ての細胞で蛍光するように操作されている)のどちらのマウスが使用されたとしても、全身が蛍光したことを喜ぶのはおかしい。喜ぶ意味がない。


●グリーンな胎仔と胎盤の画像撮影。拍動している画像もあった。
どうやって撮影したのか?またマウスは多胎妊娠があたりまえな生物なので、通常は着床成功率を上げるためにも複数の胚を移植すると思う。画像で指し示された胎仔・胎盤は1つだけであった。


●小保方氏が幹細胞樹立は苦手で全く関与していないと述べたこと。
培養が出来ないと言っているようなもので、世紀の科学者のごとく持ち上げられた報道も然ることながら筆頭著者であることへの疑問あり。前段階の実験に携わっており本当に実験が成功していたとしても彼女の貢献度は極めて低い。・・・※後述(1)


●Oct4-GFPマウスを使って実験を行ったと述べられていたのに、その後(検証実験やマウス解析報告など)にCAG-GFPマウスだったと語られていたこと。
実験が成立しない。


●STAP細胞から幹細胞樹立(増殖性獲得)に副腎皮質刺激ホルモン(ACTH)が使用された。 
副腎皮質ホルモンはリンパ球の活性を抑制する。培養中のT細胞に添加すれば死滅に至る。STAP細胞の基になったのはT細胞である。T細胞の特性を残しているならば増殖ではなくて死滅するのではないだろうか。・・・※後述(2)


●TCR(T細胞受容体)の遺伝子再構成を調べることの意味。
初期化した細胞から元の細胞を断定することが可能だろうか。断定できるならば初期化したとは言わないのでは?元の細胞を断定するにはTCR再構成を利用する以外になかった、ゆえに元の細胞はT細胞にしたという恣意的なものを感じる。(しかしそれが命取りだった気も・・)・・・※後述(3)


●初期化(一度分化した細胞が多能性細胞・未分化細胞に戻ること)の意味が曖昧。
詳細は解明されていないが相同組換えなどの遺伝子組替えでは一旦一部分のDNAがほぐれると考えられている。強固な連鎖に新たなものは入りにくいということ。ほぐれた箇所に似たものが入り込むという考えが相同組換え。そうであるならば分化した細胞が初期化するということはすべてのDNAがほぐれるということを意味する。ほぐれた全てのDNAを人為的に再構成して臓器なり生物を作製することができるだろうか?今の知識や技術ではとてもじゃないが無理だろう。(組換えの発生は人間の我儘な期待に応えるレベルにない。そこでほぐしや耐性など人為的に働きかけるわけだが現段階では相同組換えでさえ、その成功は難しい状況である。)


●異なる種の細胞がいとも簡単に細胞接着したこと。
ありえない。(理研の著名な研究者が同意してくれるはず)・・・※後述


●2つ目の論文の力尽きた観。
整合性のない実験を利用して証明していたりする。・・・※後述


●最後は従来から可逆性があると言われている線維芽細胞の増殖因子を用いたこと。
辻褄合わせっぽい。STAP細胞初期化はありえないという間接的な証明をしているようにすら感じる。・・・※後述



ニコニコ笑うしかない!? ※後述(1)

下記青字は小保方氏のSTAP細胞論文の捏造疑惑に関する記者会見での質疑応答全文より。

記者:ニコニコ動画のナナオと申します。今回の騒動は、小保方さんしかSTAP細胞の作成に成功されていない、というのが混乱の一因だと思うのですが、ご自身がSTAP細胞を何回作成したのかと、作成のコツについて何かあれば教えてください。

小保方:まずSTAP細胞については、私自身、すでに200回以上作成に成功しています。STAP幹細胞については、コンバージョンが私は苦手としていて、若山先生(山梨大教授)がお得意としていて、現存するSTAP幹細胞は全て若山先生が樹立してくださったものなんですけれども。実は今回の論文は、私の中では現象論を記述したものであって、最適条件を証明したものではないという認識でした。そしてそれから、まさにSTAP現象の最適条件を示すような論文、メカニズムに迫りつつ、そして最適条件を示していけるような論文をまさに準備しようとしているところだったんですけれども、このような騒動になり研究が止まってしまったことに本当に心を痛めております。

記者:まあSTAP幹細胞は難しいとしてもですね、例えば小保方さんご自身がやはり証明、例えば環境が整えば作成できるご自信はお有りでしょうか? というのも、実は今ネット上で、例えばニコ生などで公開実験をされたらハッキリわかるのでは、という声があるんですね。そのような公開実験というのは、条件が整えば可能でしょうか?

小保方:どうなんでしょうか。まあ実験というのはいつも1人でこっそりやっているものではないので、研究室では毎日が公開実験のような状態です。ただ、全て証明するためには日数もかかると思いますし、どのような手法で公開実験が可能なのかについては、私にはアイデアがありませんが、もし私が実験して幹細胞を作るところを見たいということであれば、もう今の、是非どこにでも行って、この研究を少しでも前に進めてくださる方がいるならば、出来るだけの協力をしたいと考えております。


STAP細胞を幹細胞への転換が苦手で全て若山氏が行ったと言っているが、舌の根も乾かないうちに「私が実験して幹細胞を作る」と言っている。
文字起こしでの間違いではないことは会見動画でも確認済。(49:00~52:15)
「是非どこに行って」というあたりはとても嬉しそうに話し、合わせてフラッシュが山ほど焚かれた。

冷静に考えれば公開実験なんて無理に決まっている。
何をどうやって公開するのか。マウスから脾臓を出すところか?
実験そのものは見たところで専門外の人に内容が分かるわけがないし、そう簡単に見えるものでもない。
小保方氏が割烹着で実験している姿でも見て楽しもうというのだろうか?
分からないからと誰かが意図するように解説を加えるならば論文やテレビ報道と変わらない。
またどこにでも行って出来るものでもない。必要なモノや環境がある。なぜ研究室は研究費が欲しいのか、それを考えたら分かるでしょう。
質問する側も答える側もナンセンス。

要するにこれは、「私を指導して私が幹細胞を樹立出来るようになるところを見たいという人があれば、どこへでも行きま~す。一緒にやりましょうね」と言っているというこなんだろうか?
そうだとすれば見事なすり替えですね。


言い逃れか、それとも存在を知らないのか? ※後述(1)

「STAP幹細胞」という名は出てくるが、「Fgf4-induced幹細胞(Fgf4誘導幹細胞)」という名は出てこない。
小保方氏はその存在を知らないのか?
それともSTAP幹細胞樹立は苦手で若山氏が担当してくれたけれど、Fgf4-induced幹細胞樹立は自分で行ったという意味が含まれているのだろうか。
前者だと杜撰すぎて呆れるしかないし、後者だとすると恣意的であり心証は相当悪くなる。

【おさらい】
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■STAP幹細胞樹立
STAP細胞を「理研が開発した副腎皮質刺激ホルモン(ACTH)を含む多能性細胞用の特殊な培養液」とフィーダー細胞(マウス胎仔線維芽細胞若しくはゼラチンコート)を使用して培養すると増殖性が発露し幹細胞になった。
STAP幹細胞は胚(胎仔)に寄与するが、胎盤組織には寄与しない。

■Fgf4-induced幹細胞樹立
STAP細胞をFgf4(線維芽細胞増殖因子)下で培養しトリプシン処理で増殖させた。
Fgf4-induced幹細胞は胎盤組織には寄与し、僅かながらではあるが胚(胎仔)にも寄与する。
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免疫がなかった!? ※後述(2)

CD45陽性細胞(白血球)を用いてSTAP細胞を作製し、TCR(T細胞受容体)の遺伝子再構成によって元の細胞をリンパ球のT細胞と断定した。
この断定はSTAPの元となった細胞が未分化細胞ではなかったという証明(コンタミ否定)に利用したものなので非常に重要な点である。

またSATP細胞の幹細胞樹立には副腎皮質刺激ホルモンが用いられたが、前述したように副腎皮質ホルモンはステロイド・免疫抑制剤として利用されているものである。
そのホルモンを刺激するホルモンを利用したのであるから、結果的に免疫抑制効果を発揮する。
簡単に言えば免疫が働かないように免疫系統を叩いてくれるものである。
その効果は単一細胞レベル、生体内レベル、培養(培地)環境レベルと分けて考えたほうがよいかもしれない。
リンパ球は免疫系統において重大な役割を担う細胞であるから、リンパ球の封じ込めには効果があるだろう。

従ってリンパ球のT細胞が基になっているSTAP細胞にとっては随分微妙な話となる。
こちらが成り立てば、こちらが成り立たないという矛盾点となる。
どうしてこんな矛盾が発生したのかと言えばひとえに、元の細胞が未分化細胞ではなく分化した細胞だと証明することに躍起になったからに違いない。
要するに結論から考えていったからだと思う。
「遺伝子再構成の痕跡があった」(TCR遺伝子再構成)という証明を利用したいがためにリンパ球が選ばれた。
初期化したのに再構成の痕跡があったというのもよく考えればおかしいことのはずだが、誰も疑問に感じていなかった。



衝撃を受けたということに私は衝撃を受けた ※後述(3)

2004年3月5日、STAP細胞作製が再現できないとの声を受けて、理研が「STAP細胞作製に関する実験手技解説」を発表した。
その発表の中に「STAP幹細胞にはTCR再構成が確認できなかった」との記述があり衝撃を受けたという人が複数いたのである。

(ブログより一例)
ka-ka_xyzの日記- 「STAP細胞 TCR再構成は無かった」という話の衝撃

●いまさら人に聞けない小保方晴子のSTAP細胞Nature論文と捏造問題の詳細 その2
TCR再構成を否定した3月5日の理研の発表とコピペ問題


慶應大学 吉村研究室 - T細胞はSTAP幹細胞になれない


無知の知-STAP細胞について2


理研の発表文が英語なので非常に分かり難いと思うが、問題の個所は下線部分らしい。

We have established multiple STAP stem cell lines from STAP cells derived from CD45+ haematopoietic cells. Of eight clones examined, none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.

この件に関してはWikipedia刺激惹起性多能性獲得細胞の3.3で「STAP幹細胞にはTCR遺伝子再構成が認められなかった問題」として日本語で記述されている。
下記はそこから引用。
3月5日発表のネイチャー・プロトコルの中で、調べた8クローンのSTAP幹細胞のいずれにおいてもTCR再構成が認められなかったことが公表されたことにより、STAP幹細胞が分化した体細胞に由来したとする証拠が無いことが判明した。若山照彦はこのことについて、「STAP細胞が出来た重要な証拠の1つである特定の遺伝子の変化について、論文発表前、研究チーム内では『変化がある』と報告され、信じていたが、先週、理化学研究所が発表した文書の中では、変化はなかったと変わっていた」とし「STAP細胞の存在に確信がなくなった」とNHKの取材に語った。


2014年6月10日、理化学研究所発生・再生科学総合研究センターの自己点検検証委員会(CDB 自己点検検証委員会)は、小保方晴子、丹羽仁史、笹井芳樹が、2014年1月30日のアーティクル論文発表の1年前の2013年1月時点でSTAP幹細胞にTCR遺伝子再構成がないという結果を共有していたが、STAP幹細胞にTCR遺伝子再構成がないことを記載せずネイチャーに発表していたことを報告した。



STAP細胞のTCR再構成に触れなかった理研 ※後述(3)

理研の面々はSTAP細胞ではなくSTAP幹細胞にTCR再構成がないと言っている。
私にとってはそれはある意味、当たり前なことである。(副腎皮質刺激ホルモンを使用してT細胞を叩いたのだから。T細胞は多かれ少なかれ死滅に至る。)

しかし多くの人はTCR再構成がSTAP幹細胞やキメラマウスに認められないのはおかしいと言っていった。
それではまったくT細胞由来であったという証明にならないと。
でもそれは違う。
STAP細胞ではなくSTAP幹細胞を調べたと述べた理研のほうが一枚上手だ。
しかしSTAP細胞が初期化された細胞ならば、STAP細胞にもTCR再構成はないと私は考える。(なぜなら初期化したならば再構成痕跡も残っていないという考えだから)
理研がSTAP細胞のTCR再構成に触れなかったのは何故か?


ちなみに、小保方氏が見栄えをよくするために切り貼りしたと問題になった画像がそのTCR再構成を示している図である。(電気泳動実験の画像)
テレビでも散々目にした図である。
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5本の真ん中が切り貼りされたところ。画像加工ソフトで明るさを変えると切り貼り部分が黒く浮き出て確認された。
この真ん中は「Lymphocytes」(リンパ球)と示されている。
つまり右側2つのSorted Oct4-GFPはこれに似ていると言いたいわけだ。
左は多能性幹細胞である「ES細胞」と、可逆性のある「Fibroblasts」(繊維芽細胞)である。
切り貼りしたものがSTAP細胞ではなく、比較対象のリンパ球だから問題ないでしょうという主張も一部にあったし、小保方氏も悪いことだとは全く思わなかったということである。
しかしそもそもこの図だけを見ればSTAP細胞とはどこにも記されていない。「Sorted Oct4-GFP」である。「Oct4ターゲットで緑色に蛍光していた」という情報しかなく、意地悪を言えばこれだって比較対象になりかねない。

下図の理研調査委員会生データでは
「ES Cell」 「Fibroblasts」 「CD45+Cell」 「Sorted Oct4+ 1~6」 「STAP cluster1~4」と表記されている。
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by yumimi61 | 2014-07-20 14:58