2014年 07月 30日
甍(いらか)八十八
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続きです。
後述(1)~(3)まではこちらを参照
後述(4)はこちらを。
後述(5)はこちら
後述(6)はこちら
決定的な捏造証拠として、マウスの種類と緑色蛍光、キメラマウスに関わる3種類のマウス
下記「STAP実験・STAP騒動で私が受けた主なる衝撃主なる衝撃」部分は重複しています。


STAP実験・STAP騒動で私が受けた主なる衝撃

●STAP細胞が幹細胞ではなかったこと。 
自己複製能が無く細胞分裂しないということであるから、STAP細胞には多分化能はない。胎児にも胎盤にもなれないのは明確。にも拘わらず「生殖細胞を含む全ての細胞に分化する能力を持っていると明確に示された」と報告されていた。


●幹細胞ではないSTAP細胞からキメラマウスを作製。STAP由来の胎仔と胎盤をできたこと。 
上記の理由でありえない。だからなのか、「単一細胞(トリプシンでバラバラにする)」から「小分けブロック」にすることで可能になった、その技術は若山氏ならではのものと語られた。この方法や文言には非常に強く作為的なものを感じる。


●全身グリーンマウスを喜んでいること。
Oct4-GFPマウス(分化した細胞は蛍光しない)とCAG-GFPマウス(最初から全ての細胞で蛍光するように操作されている)のどちらのマウスが使用されたとしても、全身が蛍光したことを喜ぶのはおかしい。喜ぶ意味がない。


●グリーンな胎仔と胎盤の画像撮影。拍動している画像もあった。
どうやって撮影したのか?またマウスは多胎妊娠があたりまえな生物なので、通常は着床成功率を上げるためにも複数の胚を移植すると思う。画像で指し示された胎仔・胎盤は1つだけであった。


●小保方氏が幹細胞樹立は苦手で全く関与していないと述べたこと。
培養が出来ないと言っているようなもので、世紀の科学者のごとく持ち上げられた報道も然ることながら筆頭著者であることへの疑問あり。前段階の実験に携わっており本当に実験が成功していたとしても彼女の貢献度は極めて低い。・・・※後述(1)


●Oct4-GFPマウスを使って実験を行ったと述べられていたのに、その後(検証実験やマウス解析報告など)にCAG-GFPマウスだったと語られていたこと。
実験が成立しない。


●STAP細胞から幹細胞樹立(増殖性獲得)に副腎皮質刺激ホルモン(ACTH)が使用された。 
副腎皮質ホルモンはリンパ球の活性を抑制する。培養中のT細胞に添加すれば死滅に至る。STAP細胞の基になったのはT細胞である。T細胞の特性を残しているならば増殖ではなくて死滅するのではないだろうか。・・・※後述(2)


●TCR(T細胞受容体)の遺伝子再構成を調べることの意味。
初期化した細胞から元の細胞を断定することが可能だろうか。断定できるならば初期化したとは言わないのでは?元の細胞を断定するにはTCR再構成を利用する以外になかった、ゆえに元の細胞はT細胞にしたという恣意的なものを感じる。(しかしそれが命取りだった気も・・)・・・※後述(3)


●初期化(一度分化した細胞が多能性細胞・未分化細胞に戻ること)の意味が曖昧。
詳細は解明されていないが相同組換えなどの遺伝子組替えでは一旦一部分のDNAがほぐれると考えられている。強固な連鎖に新たなものは入りにくいということ。ほぐれた箇所に似たものが入り込むという考えが相同組換え。そうであるならば分化した細胞が初期化するということはすべてのDNAがほぐれるということを意味する。ほぐれた全てのDNAを人為的に再構成して臓器なり生物を作製することができるだろうか?今の知識や技術ではとてもじゃないが無理だろう。(組換えの発生は人間の我儘な期待に応えるレベルにない。そこでほぐしや耐性など人為的に働きかけるわけだが現段階では相同組換えでさえ、その成功は難しい状況である。)


●異なる種の細胞がいとも簡単に細胞接着したこと。
ありえない。(理研の著名な研究者が同意してくれるはず)・・・※後述(4)


●2つ目の論文の力尽きた観。
整合性のない実験を利用して証明していたりする。・・・※後述(5)


●最後は従来から可逆性があると言われている線維芽細胞の増殖因子を用いたこと。
辻褄合わせっぽい。STAP細胞初期化はありえないという間接的な証明をしているようにすら感じる。・・・※後述(6)


若山氏が遺伝子解析を依頼した第三者機関の中立性

6月16日、STAP細胞の多能性評価としてのキメラマウス作製をまかされた若山氏(理研→山梨大学)が会見を開いた。
小保方氏によればSTAP幹細胞の樹立を担当したのも若山氏であったということだ。
若山氏が騒動勃発後にSTAP幹細胞の遺伝子解析を第三者機関に依頼しており、その結果を受けての会見だった。
会見で「第三者機関とはどこか?」という質問され、若山氏は「(記者会見の)直前まで(私と)一緒に発表する、という話もあった。だが、並んで発表すると僕の味方だと思われてしまう。中立的な立場であるということから、現時点では明らかにしないということになっています」と答えているが、放射線医学総合研究所である。(所在地は千葉県千葉市)
研究所創立当時は科学技術庁所管の国立研究所であったが、現在は文部科学省所管の独立行政法人である。
こちらの記事に書いた通り、第五福竜丸で被爆した船員らに対して追跡健康診断を実施していたのが放射線医学総合研究所であった。


「放射線なのに何故幹細胞の遺伝子解析?」と思うかもしれないが、放医研には分子イメージング研究センターがあるからである。
科学技術振興機構の分子イメージング研究プログラムを通して、理研と放医研、大阪大学や東北大学はみな仲間である。これをオールジャパン体制とも言うらしい
(オールジャパンで!と言っていたら、侍ジャパン3連覇ならずというテロップが出て、ちょっと面白かったこと
遺伝子などを用いた診断や治療の確立を目指すものである。
最近「創薬」という言葉をよく目にするが「創傷薬」(皮膚の傷を治す)ではなく、「薬を創る」(新薬開発いわば経済発展もしくは金儲け)ことである。
アメリカのクリントン大統領(当時)と イギリスのブレア首相(当時)が大部分を解読したと全世界に向かって宣言したヒトゲノムは金のなる木なのだ。核やコンピューターと同様に。

The sequencing of the human genome holds benefits for many fields, from molecular medicine to human evolution.
The Human Genome Project, through its sequencing of the DNA, can help us understand diseases including: genotyping of specific viruses to direct appropriate treatment; identification of oncogenes and mutations linked to different forms of cancer; the design of medication and more accurate prediction of their effects; advancement in forensic applied sciences; biofuels and other energy applications; agriculture, livestock breeding, bioprocessing; risk assessment; bioarcheology, anthropology, evolution. Another proposed benefit is the commercial development of genomics research related to DNA based products, a multibillion dollar industry.

The sequence of the DNA is stored in databases available to anyone on the Internet. The U.S. National Center for Biotechnology Information (and sister organizations in Europe and Japan) house the gene sequence in a database known as GenBank, along with sequences of known and hypothetical genes and proteins. Other organizations, such as the UCSC Genome Browser at the University of California, Santa Cruz, and Ensembl present additional data and annotation and powerful tools for visualizing and searching it. Computer programs have been developed to analyze the data, because the data itself is difficult to interpret without such programs.

The process of identifying the boundaries between genes and other features in a raw DNA sequence is called genome annotation and is the domain of bioinformatics. While expert biologists make the best annotators, their work proceeds slowly, and computer programs are increasingly used to meet the high-throughput demands of genome sequencing projects. The best current technologies for annotation make use of statistical models that take advantage of parallels between DNA sequences and human language, using concepts from computer science such as formal grammars.
Wikipediaより

厳密に言うとヒトゲノムは解読したのではない、決定したのである。
そうであることが分かったのではなく、そうであると決め定めたのである。
専門分野の人達は、塩基配列決定、遺伝座決定などのように、「決定」という言葉を使う。
上記英文で最初の下線部"The sequencing of the human genome"の訳が「ヒトゲノムの配列決定」となるからである。(決定という英語はdecideかdecisionでしょ?中学校でそう習ったわ?)
ヒトゲノムの決定はThe sequencing(ザ・シークエンシング)である。(なにそれ?聞いたことも無いけど?)
DNAシークエンシングという専門用語であり、意味は「塩基配列を決定すること」となる。
その手法を開発したのはもちろん人間であり、それによってノーベル化学賞も受賞している。(手法にミスがあったなら大変ですね。そうですね)
ヒトゲノムの決定を高らかに宣言したのが大統領や首相なのだから「政治的決定」と言っても語弊はないだろう。
科学と政治は切っても切れない関係にある。


現在の文部科学大臣は、放射線治療の盛んな群馬県出身で、小保方氏と同じく早稲田大学卒で、小保方推しの下村氏である。
若山氏は解析依頼した放医研はその文部科学省管轄で、理研にも近い研究所であった。
若山氏がどういう意味で中立という言葉を用いているのかよく分からないが、仲間内であるのだから中立とは言い難い。
しかし第三者と言えば確かに第三者である。
日本とアメリカとヨーロッパ間の中立的立場という意味で使用したならば分からなくもない。(若山氏は経歴から言えばアメリカ寄りで、ネイチャー誌はイギリスで、騒動となっているのは日本)
国際問題は一筋縄でいかない難しい問題である。


Oct4-GFPマウスではなくCAG-GFPマウス(会見資料2の予備知識に記載あり)

これは以前こちらにも書いたが、若山会見の資料には本研究で用いられたマウスはCAG-GFPマウスだとはっきりと(且つお茶を濁して)述べている。
小保方論文においてもキメラマウスの写真にはCAG-GFPと書かれていたので一致する。
STAP幹細胞は胎仔にも胎盤にも寄与するというSTAP細胞から樹立したものであるから、「本研究」と言えば当然STAP細胞作製段階も含めたもののはずである。
それがOct4-GFPマウスではないというのだ。
これでは実験が成立しようもないので、最初から捏造であったと言うしかない。

会見資料1
会見資料2
会見資料3
会見資料4(図)
会見資料5(図)


若山研究室と理研以外の存在?それとも異議なし?(会見資料1の解析試料について)

解析した試料にはSTAP幹細胞として4種類が挙がっている。
そこにはOct-GFP-B6というマウスが含まれている。
さらには第三者機関の解析したSTAP幹細胞は若山研究室のものでも理研のものでもなかったように記されている。
そこで以前私は小保方研究室は理研外にも存在したのかと書いた。
実はもう1つ気になった点があったからだ。小保方氏会見でのこの言葉である。
「STAP細胞については、私自身、すでに200回以上作成に成功しています。
STAP幹細胞については、コンバージョンが私は苦手としていて、若山先生(山梨大教授)がお得意としていて、現存するSTAP幹細胞は全て若山先生が樹立してくださったものなんですけれども。」

彼女はわざわざ「現存するSTAP幹細胞」と言っている。
現在ある(残っている、保存している)STAP幹細胞という意味なのか、それとも現在までに作り出した全てのSTAP幹細胞という意味なのか。
もしも前者ならば現存していないSTAP幹細胞の中には他の人が樹立したものもあると解釈できなくもない。

しかし理研はSTAP細胞の秘密保持のために小保方氏を特例採用したと言っていたくらいだから他所はなかったことにしてあげよう。
そうなると解析試料の解釈は、若山研究室と理研でそれぞれ保存していた幹細胞の一部を解析に提出したということになる。
自分達の機関でもそれぞれ解析してみて、それを第三者機関の報告と照らし合わせた。それを追加の解析と言った。


STAP幹細胞
①129B6F1-GFPマウスから樹立した8株(FLS) 
②同じ種類のマウスから1年後に樹立した2株(FLS-T) 
③129/Svマウスから樹立した2株(AC129)
・・・・・・実験当時「Animal Callus」と呼ばれていたのでACと付けたと説明あり。 
④Oct-GFP-B6マウスから樹立した2株(GLS)

加えて第三者機関の結果をもとに若山研とCDBで保存していた試料についても追加の解析を行った。
若山研:維持しているマウス17匹およびSTAP幹細胞
CDB:CDBに残されていたSTAP幹細胞


しかし不思議なことにこの試料説明(会見資料1)の後に、本研究で用いられたマウスはCAG-GFPマウス(会見資料2)と書かれているのだ。
マウス系統とマウスに導入されたGFPを全く別物として考えているのだろうか?
マウスは幾つかの種類があったが、そのすべてにCAG-GFPが導入されているというような・・・。

ともかく若山研究室と理研も第三者機関の報告と同じ解析結果が出ており異議なしという状態であったのだ。
このことは非常に重大な意味を持つ。
何故かと言えば、若山教授はもとより放射線医学総合研究所も理研も山梨大学も実験の根本となるようなこと(Oct4-GFPとCAG-GFPの違いや遺伝子導入について)を全く理解していなかったということになるからだ。
それを否定する唯一の方法は「第三者機関の解析試料は別の場所から持ち込まれたものであり、私達は一切関知していない。話を合わせただけ」と言うしかないだろう。

理研や若山氏は7月に入ってから、解析に誤りや訂正があると言い出した。
私は最初から後出しじゃんけんをやると思っていた。




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by yumimi61 | 2014-07-30 15:12


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